Проблемаҳои методологии табиатшиносии муосир масъалаҳоеро дарбар мегиранд, ки тамоми соҳаи илмҳои ба тадқиқи табиат вобаста бударо ба ҳам мепайванданд, аз ҷумла:
- ошкор намудани робитаи умумии ҳодисаҳои табиат;
- сарфаҳм рафтан ба моҳияти ҳодисаҳо, васеътар намудани ҳудудҳои пештар ноил гашта ҳам ба қаъри материя (микроолам) ва ҳам ба макро ва мегаолам;
- зоҳир намудани ҷудоинопазирии материя ва шаклҳои мавҷудияти он –ҳаракат, фазо ва вақт;
- ошкор намудани зиддиятҳои воқеии ҳодисаҳои табиат ва ҳоказо.
Ҳалли объективонаи ин масъалаҳо пешниҳоди системаи нишондодҳои методологиро тақозо дорад, ки қисми муҳими таркибӣ ва принсипи методологии умумитарини ҳар як соҳаи илм ба шумор меравад. Ин нишондодҳо нақши танзимкунандаи фаъолияти илмиро бозида, ба бунёди хулосаҳои ҳақиқии назариявӣ ва таҷрибавӣ мусоидат мекунанд. Аз рӯи мазмуну мундариҷа нишондодҳои методологӣ системаи тасаввуротҳо оид ба объекти омӯхташаванда ва раванди тадқиқи ин объект буда, шаклу мазмуни натиҷаи тадқиқотро муайян менамояд.
Азбаски дар рафти инкишофи таърихии ҳар як соҳаи илм дер ё зуд объекти таҳқиқшаванда тағйир меёбад ва, аз ин рӯ, раванди омӯзиш низ дигар мегардад, системаи нишондодҳои методологӣ хусусиятҳои таърихию воқеии фаъолияти илмиро муайян менамояд. Гузашта аз он, ҳар як соҳаи тадқиқоти илмӣ маҳз аз рӯи нишондодҳои методологии худ дар системаи фарҳанг мақоми худро пайдо мекунад. Бинобар он ҳамон соҳаи табиатшиносӣ, ки нишондодҳои методологиаш дар давраи додашудаи таърихӣ барои тамоми табиатшиносӣ хос ва муайянкунанда аст, илми пешбар шинохта мешавад. Ҳамин аст, ки аз асри 17 сар карда то имрӯз физика илми пешбари табиатшиносӣ ҳисобида мешавад. Тавре қайд намуда будем, аз солҳои охири асри 20 сар карда андешаҳое баён карда мешавад, ки ин нақш тадриҷан ба ихтиёри биология гузашта истодааст. Ба ақидаи инҷониб бо дарназардошти он тадқиқотҳое, ки солҳои охир дар Коллайдери калони адронӣ (ЦЕРН, Швейтсария) гузаронида шуда истодаанд ва он натиҷаҳои илмие ки ба даст омаданд, бо итминони комил гуфтан мумкин аст, ки имрӯз ва солҳои наздиктарин физика мақоми пешбарии худро аз даст доданӣ нест.
Таърихи табиатшиносӣ нишон медиҳад, ки пешниҳоди системаи нишондодҳои методологӣ ва ивази он дар ҷараёни инқилобҳои илмӣ сурат мегирад. Бо омилҳою сабабҳои ивазу тағйири нишондодҳои методологии муҳимтарини илмҳои физика ва астрономия дар мавзӯъҳои оянда шинос хоҳем шуд.